Академия является правопреемником Казанского ветеринарного института имени Н.Э. Баумана, который был образован 31 мая 1873 года. Казанский ветеринарный институт был открыт по указу императора России Александра второго. В высочайшем повелении указано: "Учредить в г. Казань с начала 1874-75 года Ветеринарный институт, присвоив оному те же Устав и штаты, как в 8 день мая сего года высочайшее утверждены для Харьковского и Дерптского ветеринарных институтов".
Предпосылкой открытия нового ветеринарного института именно в Казани послужило то, что Казанская губерния расположена на одном из основных путей продвижения гуртов промышленного скота из Азии в Европу и ветеринарный институт должен был служить своего рода ветеринарно-санитарным кордоном, сторожевым пунктом на пути между Азией и Европой.
В 1986 году институт переименован в Казанскую государственную академию ветеринарной медицины имени Н.Э.Баумана. Академия является старейшим учебным заведением ветеринарного профиля в России. За годы существования академия приобрела мировую известность и признание, внеся большой вклад в подготовку ветеринарных врачей и зооинженеров для народного хозяйства, а также в развитие ветеринарной, биологической и сельскохозяйственной наук, в обеспечении научно-педагогическими кадрами зооветеринарных вузов страны. Подготовлено более 22 тыс. ветеринарных врачей и зооинженеров. В 1984г. из научного сектора академии организован Всесоюзный научно-исследовательский ветеринарный институт (г. Казань).
Казанская ветеринарная академия имеет более чем 145-летнюю историю. Ведущими учеными академии созданы научные школы: анатомов-нейроморфологов профессоров Л.Я. Третьякова и Н.А. Васнецова; патологоанатомов профессора К.Т.Боля; эпизоотологов профессора Х.Т. Гизатуллина; акушеров-гинекологов профессора А.Н. Студенцова; патофизиологов профессора Н.А. Крыловой; фармакологов профессора Н.А.Сошественского; хирургов профессора Л.С. Сапожникова и профессора Б.М. Оливкова; терапевтов профессора Н.П. Рухлядова и профессора Г.В. Домрачева и др.